Asal mula adanya pendidikan yang ada di MTsN 5 Kediri tidak lepas dari nama besar Pondok Pesantren Ar Rosyaad di Balong. Pada waktu itu pendidikan yang ada adalah pendidikan pesantren dengan sistem mbalah, artinya Kyai yang membacakan kitab kuning dan santri yang memaknai kitab-kitabnya.

Setelah sepeninggal pengasuhnya  (KH. Abdul Hadi) model pondok kurang diminati, kemudian timbulah gagasan perlunya perubahan sistem pendidikan dari pendidikan pesantren ke pendidikan formal yang diprakarsai oleh Bapak Ahmad Thoha, BA. yang mana beliau merupakan tamatan Pondok Modern Gontor Ponorogo. 

Pada tahun 1960 berdirilah pendidikan formal yang bernama MU’ALIMIN berjalan selama 5 tahun. Kemudian pada tahun 1965 nama MU’ALIMIN diubah menjadi MTs AIN, karena lembaga pendidikan ini mengalami perkembangan yang cukup baik dari segi populasi siswanya maupun administrasi pendidikannya yang akhirnya mendapatkan kepercayaan dari Departemen Agama.

Pada tahun 1970 kepercayaan pemerintah itu terbukti dengan turunnya penegrian pada SK Menteri Agama RI No. 203 tahun 1970 tanggal 10 September 1970. Pada tahun 1980 status penegrian di relokasi ke MTs Negeri Malang dengan SK Menteri Agama RI No. 27 Tahun 1980, status negeri menjadi Fillial yang menginduk pada MTsN Kediri II. Kemudian pada tahun 1995 kembali lagi menjadi negeri penuh dengan nama MTs Negeri Kandat dengan SK Menteri Agama RI No. 515 A Tahun 1995  tanggal  25 November 1995.

Berdasarkan Keputusan Menteri Agama RI Nomor 673 Tahun 2016 Tentang Perubahan Nama Madrasah Aliyah Negeri, Madrasah Tsanawiyah Negeri dan Madrasah Ibtidaiyah Negeri di Provinsi Jawa Timur, maka nama Madrasah Tsanawiyah Negeri Kandat dirubah dengan nama MTsN 5 Kediri sampai saat ini.